In De Pinguins van Madagascar: Dr. Blowhole Keert Weer Terug heeft Dr. Blowhole snode plannen en ook deze keer laat hij er geen gras over groeien. De onnozele pinguins Skipper, Kowalski, Rico en Private moeten alle zeilen bijzetten om zijn plan te dwarsbomen. Deze game werkt alleen met een uDraw tekentablet.

Als speler bestuur je de vier pinguins en loods je hen door levels vol puzzels en stukken die behendigheid vereisen. Ook kun je allerlei technische snufjes gebruiken die door de pinguins bedacht zijn. Naast de twaalf gewone missies zijn er ook bonuslevels en mini-games te spelen.